《合金装备Online》是以《合金装备4 爱国者之枪》的角色、背景、操作性为基础，并追加原创场地和规则的作品。

　　《合金装备Online》与《合金装备3：生存》中的网络内容最大的不同点就在于，本作采用了全新的系统“SOP环系统”。这是将同伴之间相互注入体内的毫微级计算机（Nanomachine，与细胞同样大小的机械，《MGS4》中存在通过毫微级计算机来控制士兵的技术）相连接，显示同伴的位置、状态等可视性共有情报的系统。