前作是以人造岛屿‘首都岛’为舞台，叙述遭遇地震袭击的首都岛上，主角们求生的经历。本作的故事背景为首都岛毁灭后的数年，游戏舞台为新开发的地上地下混合建筑都市‘富市’，在2010完工当年的圣诞夜，下起了不寻常的豪大雨，陷入了洪水的危机之中。

　　《绝体绝命都市2》中的男女主角分别为在餐厅打工的大学四年生 筱原一弥，以及同样也是打工一族的大学三年生 藤宫春香 两人。由于灾难发生的时间为冬季，所玩家必须在寒冷的天气中与洪水的威胁对抗，除了要小心突发的大水之外，还得时时注意身体的状况，以免陷入失温的危机。